El programa del manejo integrado de vectores en el marco de la pandemia por COVID-19 en Medellín, Colombia / Integrated vector management program in the framework of the COVID-19 pandemic in Medellin, Colombia

Introducción. La pandemia por COVID-19 presionó los sistemas de salud para mantener alerta y activos los programas de control y prevención de las enfermedades transmitidas por vectores, y generó cambios en las estrategias de control vectorial en áreas urbanas afectadas por el dengue, el Zika y el chikunguña. Objetivo. Describir las adaptaciones del programa de vigilancia y control de vectores en Medellín durante la contingencia sanitaria por COVID-19. Materiales y métodos. Iniciada la emergencia sanitaria, se elaboraron protocolos de bioseguridad. Se fortaleció la vigilancia entomológica institucional en lugar de las viviendas. La información se recolectó en Medellín durante los años 2018 a 2021, en las actividades del programa de vigilancia y control de vectores, que incluyen la vigilancia epidemiológica y entomo-virológica, el levantamiento de los índices entomológicos, el monitoreo de ovitrampas, la movilización social y comunitaria, la búsqueda y eliminación de criaderos, y el control químico; estas acciones se adaptarons o incrementaron para favorecer, de una parte, el autocuidado de las comunidades en confinamiento total y parcial, y de desarrollar las acciones de prevención y control. Resultados. Se incrementó en un 40 % la vigilancia del mosquito mediante ovitrampas, la vigilancia entomo-virológica presentó un incremento de 34,4 % en el 2020 respecto al 2019, y se utilizaron herramientas virtuales para mantener y mejorar el contacto con la comunidad. Conclusión. La pandemia por COVID-19 causó gran impacto en los programas de prevención y control de las enfermedades transmitidas por vectores. Medellín adaptó rápidamente las actividades de vigilancia entomo-virológica, las acciones de control y la comunicación con la comunidad durante la pandemia, y esto permitió mantener activo el programa del manejo integrado de vectores en la ciudad.

Introduction: The COVID-19 pandemic pressured health care systems to remain alert and active in their vector-borne disease control and prevention programs, leading to changes in vector control strategies in urban areas affected by dengue, Zika and chikungunya. Objective: To describe the adaptations made to the vector control and surveillance program in Medellín during the COVID-19 health emergency. Materials and methods: Once the health emergency started, biosecurity protocols were developed. Entomological surveillance was strengthened from the institutional environment instead of homes. Data was collected in Medellín from 2018 to 2021 during the vector control and surveillance program activities, which included epidemiological and entomo- virological surveillance, entomological index survey, ovitrap monitoring, community mobilization, search and elimination of mosquito breading sites, and chemical control. These actions were adapted and/or increased to promote self-care among communities in total and partial confinement, and to develop prevention and control measures. Results: Mosquito monitoring was increased by 40% using ovitraps, entomological- virological surveillance showed an increase in 2020 of 34,4% compared to 2019 and virtual media was used to keep and improve contact with the community. Conclusion: The COVID-19 pandemic had a significant impact on arbovirus prevention and control programs. The city of Medellín quickly adapted its entomo-virological surveillance activities, control measures, and the contact with the community during the pandemic, which allow the Integrated Vector Management program to remain active in the city.

Bacterial diversity analysis of freshwater sources for human use in rural areas of the tropical Andean region of Colombia / Análisis de la diversidad bacteriana en aguas superficiales usadas para consumo humano en zonas rurales de la región andina colombiana

Abstract Potable water supply and sanitization in rural areas in developing countries are still inadequate. The main risk associated with unsafe drinking water is the infection with pathogenic microorganisms. Objective: In this study, we investigate the bacterial diversity and the potentially pathogenic bacteria in water samples from diffe rent points of distribution in three rural villages from the Andean region of Colombia. Methods: Illumina libraries for water samples were prepared and sequenced using 300 bp paired-end MiSeq protocol, the bioinformatic analyses were performed with Mothur pipeline and the phyloseq package in Rstudio. Results: The mi crobial community composition showed statistically significant differences according to the village and the sample origin. Alpha, Beta, and Gammaproteobacteria were the dominant class detected in all water samples. The most relevant pathogenic genera detected in the surface were Legionella, Mycobacterium, Yersinia, Burkholderia, and Rickettsia. In the tap water samples, potential pathogens like Streptococcus, Staphylococcus, Corynebacterium, Nocardia, and Escherichia/Shige lla were detected.

Resumen El suministro y potabilización del agua de consumo humano en las zonas rurales de los países en vías de desarrollo sigue siendo limitado. El principal riesgo asociado con el uso de agua no potable es la infección con microorganismos patógenos. Objetivo: En este estudio se investigó la diversidad bacteriana y la presencia de bacterias potencialmente patógenas en muestras de agua de diferentes puntos de distribución en tres asentamientos rurales de la región andina de Colombia. Métodos: Se prepararon y secuenciaron bibliotecas de amplicones (rDNA 16S) para muestras de agua utilizando la plataforma Illumina MiSeq con lecturas pareadas de 300 bases. Los análisis bioinformáticos se realizaron con el programa Mothur y el paquete estadístico Phyloseq en Rstudio. Resultados: La composición de la comunidad microbiana mostró diferencias estadísticamente significativas según el sitio y el origen de la muestra. Alfa, Beta y Gammaproteobac terias fueron las clase dominantes detectadas en todas las muestras de agua. Los géneros patógenos más relevantes detectados fueron Legionella, Mycobacterium, Yersinia, Burkholderia y Rickettsia. En las muestras de agua del grifo se detectaron patógenos potenciales como Streptococcus, Staphylococcus, Corynebacterium, Nocardia y Escherichia /Shigella.

Microbiota bacteriana asociada al papel moneda de circulación en Colombia / Bacterial microbiota on circulating Colombian banknotes

Diariamente los seres humanos están en interacción con objetos de uso continuo, como el papel moneda, sin el conocimiento de que estos almacenan microorganismos y de que nos exponemos al contacto con potenciales patógenos. La composición de la comunidad bacteriana en un billete colombiano fue determinada mediante el secuenciamiento profundo de librerías de amplicones 16S. Se encontraron 233 géneros bacterianos; 12 de estos géneros corresponden a especies con potencial patogénico. El género más abundante fue Propionibacterium, seguido de Streptococcus, Staphylococcus Pseudomonas . Este es el primer reporte de la diversidad bacteriana que puede ser alojada en este objeto de alta circulación en Colombia. Pocos estudios en el mundo han mostrado este nivel de detalle de la microbiota en billetes de circulación y ofrece un panorama mucho más amplio de la exposición diaria a microorganismos al utilizar papel moneda en las condiciones en las que se utiliza en Colombia.

Commonly used objects such as currency paper can be colonised by bacteria and can serve as carriers of microbes. This colonisation might expose us to unnoticed pathogenic bacteria. In this study, the researchers obtained a detailed panorama of the microbes that can be carried on currency notes in Colombia by using 454 next-generation deep sequencing of 16S amplicón libraries. A total of 233 bacterial genera were detected and classified, 12 of which are potential human pathogens. The most abundant genera were Propionibacterium, Streptococcus, Staphylococcus and Pseudomonas. To date, this is the first in-depth analysis of the microbiota carried by circulating banknotes in our continent and it offers insights into daily exposure to microbes when using banknotes in Colombia.

Producción y evaluación del antígeno recombinante TES-30 de Toxocara canis para el inmunodiagnóstico de toxocariasis / Production and evaluation of the recombinant antigen TES-30 of Toxocara canis for the immunodiagnosis of toxocariasis

Introducción. Toxocara canis es un nematodo patógeno de cánidos que accidentalmente puede ser transmitido a los humanos. A pesar de la importancia de la serología para el diagnóstico de esta zoonosis, los kits diagnósticos usan antígenos crudos de excreción-secreción, en su mayoría glucoproteínas que no son específicas de especie, por lo cual pueden presentarse reacciones cruzadas con anticuerpos generados contra otros parásitos. Objetivos. Producir el antígeno recombinante TES-30 de T. canis y evaluarlo para el inmunodiagnóstico de la toxocariasis. Materiales y métodos. Se clonó el gen que codifica TES-30 en el vector de expresión pET28a (+), usando oligonucleótidos de cadena sencilla unidos mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR). La proteína rTES-30 se purificó por cromotografia de afinidad (Ni 2+ ). La reacción serológica de rTES-30 se evaluó mediante immunoblot . Teniendo en cuenta que no existe una prueba de referencia , se observó el comportamiento del antigeno en comparación con la prueba de rutina para el inmunodiagnóstico de la toxocariasis, es decir, la técnica ELISA convencional con antígenos de excreción-secreción. Resultados. El rTES-30 se produjo a partir de un cultivo de Escherichia coli LB, con un rendimiento de 2,25 mg/l y 95 % de pureza. La concordancia de la reacción entre el immunoblot rTES-30 y la ELISA convencional, fue de 73 % (46/63) y de 100 % con los 21 sueros no reactivos. De los 21 sueros con diagnóstico de otras parasitosis, 19 fueron reactivos con ELISA, mientras que tan solo siete fueron positivos con el immunoblot rTES-30. La concordancia entre la ELISA y el immunoblot fue moderada (índice kappa de 0,575; IC 95% 0,41-0,74). Conclusiones. Los datos presentados respaldan la utilidad del immunoblot r TES-3 0 para la confirmación de los posibles positivos por ELISA, no solo en los estudios epidemiológicos, sino también, como candidato para el desarrollo de pruebas diagnósticas de la toxocariasis ocular en Colombia.

Introduction: Toxocara canis is a pathogenic nematode of canines which can be accidentally transmitted to humans. Although serology is the most important diagnostic tool for this zoonosis, diagnostic kits use crude excretion/secretion antigens, most of them being glycoproteins which are not species-specific and may cross-react with antibodies generated against other parasites. Objectives: To produce the rTES-30 recombinant antigen of Toxocara canis and evaluate it in the immunodiagnosis of toxocariasis. Materials and methods: The gene that codes for TES-30 was cloned in the expression vector pET28a (+) using single-stranded oligonucleotides united by PCR. The protein rTES-30 was purified by Ni 2+ affinity chromotography. Seroreactivity of rTES-30 was evaluated by immunoblot. Given that there is no gold standard test, the behaviour of the antigen was compared with the method that is routinely used to immunodiagnose toxocariasis, i.e., the conventional ELISA technique using excretion/secretion antigens. Results: The rTES-30 was produced from an Escherichia coli LB culture which yielded 2.25 mg/L of the antigen with a purity of 95%. The results obtained showed 73% (46/63) concordance of reactivity between the rTES-30 immunoblot and the conventional ELISA, and 100% concordance with the non-reactive sera (21). Nineteen of the 21 sera positive for other parasitoses reacted with ELISA, while only seven of these were positive with the rTES-30 immunoblot. Concordance between the ELISA and the immunoblot was moderate (kappa coefficient: 0.575; 95% CI: 0.41- 0.74). Conclusions: The data presented show the potential of the rTES-30 inmunoblot for confirmation of possible ELISA positives, not only in epidemiological studies, but also as a candidate for the development of diagnostic tests for ocular toxocariasis in Colombia.

Molecular differentiation of Anopheles (Nyssorhynchus) benarrochi and An. (N.) oswaldoi from Southern Colombia

Anopheles (Nyssorhynchus) benarrochi, An. (N.) oswaldoi, and An. (N.) rangeli are the most common anthropophilic mosquitoes in the southern Colombian state of Putumayo. Adult females are most commonly collected in epidemiological studies, and this stage poses significant problems for correct identification, due to overlapping inter-specific morphological characters. Although An. rangeli is easy to identify, the morphological variant of An. benarrochi found in the region and An. oswaldoi are not always easy to separate. Herein we provide a rapid molecular method to distinguish these two species in Southern Colombia. Sequence data for the second internal transcribed spacer (ITS2) region of rDNA was generated for link-reared progeny of An. benarrochi and An. oswaldoi, that had been identified using all life stages. ITS2 sequences were 540 bp in length in An. benarrochi (n = 9) and 531 bp in An. oswaldoi (n = 7). Sequences showed no intra-specific variation and ungapped inter-specific sequence divergence was 6.4 percent. Species diagnostic banding patterns were recovered following digestion of the ITS2 amplicons with the enzyme Hae III as follows: An. benarrochi (365, 137, and 38 bp) and An. oswaldoi (493 and 38 bp). This polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) assay provides rapid, accurate, and inexpensive species diagnosis of adult females. This will benefit future epidemiological studies and, as PCR amplification can be achieved using a single mosquito leg, the remaining specimen can be either retained as a morphological voucher or further used in vector incrimination studies. That An. benarrochi comprises a complex of at least two species across Latin America is discussed.